Sekolah Dasar Baitul Qur’an Ponjong hadir dengan pendidikan holistik berbasis Qur’ani yang mempunyai visi Melahirkan Generasi Qur’ani yang Berprestasi, Mandiri, Berakhlaq Islami, dan Berwawasan Global. Sekolah yang terletak di kompleks Pesantren BALQIS Jogja ini mempunya 5 (lima) program unggulan, yaitu :

1. Tahsin dan Tahfizh Metode UMMI
2. Target Hafalan 6 Juz
3. Menerapkan Kurikulum Merdeka & Keagamaan
4. Pelajaran yang berfokus pada karakter
5. Penanaman nilai-nilai Islam secara intensif

Kelima program unggulan diatas juga sebagai salah satu ciri khas SD Baitul Qur’an Ponjong baik dalam pengajaran maupun mutu lulusannya. Adapun untuk menunjak karakter dan akhlak peserta didik, Sekolah ini mempunyai beberapa kebiasaan-kebiasan positif yaitu:

1. Morning Spirit/Apel Pagi (kisah, hadist, doa, dan bahasa)
2. Pendampingan wudhu dan Shalat berjamaah (dhuha dan dzuhur)
3. Qoilullah (tidur sejenak sebelum dzuhur)
4. Jum’at berbagi, jumat sehat & jumat bersih
5. Doa harian