Rapat kerja merupakan sebuah program kerja tahunan yang dilaksanakan oleh Baitul Qur’an Yogyakarta yang ditujukan untuk seluruh asatidz yayasan, pesantren, SMP, dan SMA Baitul Qur’an Yogyakarta. Tujuan dari program kerja ini yaitu untuk membahas hal-hal yang berkaitan dengan pelaksanaan program kerja yang akan dijalankan selama satu tahun kepengurusan. Acara ini telah dilaksanakan pada Selasa – Rabu, 2 – 3 Juli 2024 dan bertempat di Pesantren Baitul Qur’an Yogyakarta. Rapat Kerja dimulai pukul 08.00 WIB.