Sudah hampir satu tahun ini, ada delapan santri yang sudah mukim di Pondok Baitul Quran Yogyakarta.
Menurut Ustadz Ainul Yaqin, sebagai pengasuh pondok ini, setiap hari, santri di ajak untuk mengikuti kurikulum pendidikan yang sudah ditentukan.
Setiap hari santri dibangunkan pukul 03.00 kemudian diajak untuk sholat tahajud. Setelah sholat tahajut, menunggu sholat shubuh, santri diminta untuk hafalan.
Setelah sholat shubuh, santri melakukan aktifitas mandiri semisal mandi sarapan dan berangkat ke sekolah.
Setelah pulang dari sekolah , santri melakukan aktifitas pribadi sampai maghrib. Setelah Sholat Isya, santri hafalan quran, sampai jam 21.00.
Dilanjutkan dengan belajar pelajaran di sekolah dan tepat pukul 21.30 santri sudah diminta untuk istirahat.